Могу сказать по нашему опыту, мы юзали Qt + JNI, и это оказалось несколько гемморно,
начиная с проблем с отладкой, непонятно как отлаживать CMake проекты, проблемы при анализе нативных крэшей.
К тому же C++ для андроида неродной, и все равно так или иначе системные вызовы приходится делать через JNI а это такой геммор вы себе не представляете.