Признаки окончания строк приведены к единому формату. Все это не было бы страшно, если бы не мешало сравнивать действительно различные файлы и убеждаться, что ты заливаешь на сервер или сливаешь с него только то, что действительно необходимо.
Варианты, почему такое может быть, я лично рассматриваю такие:
1. Разные права на файлы, но у меня на локалке win, на сервере - linux, так что не очень понятно, что с этим делать. Да и опосредованно выясняется, что вряд ли это влияет, так как такая же ситуация наблюдается и тогда, когда я скачиваю эти файлы с сервера и сравниваю их на локальной машине и то, что есть в проекте, тоже на локальной машине.
2. Разные даты создания/изменения файлов, но что с этим делать мне вообще непонятно.
Прилагаю скринштот. На нем показано сравнение двух локальных папок (на win), но точно такая же история будет и при сравнении win-linux.