Ну, чисто математически, код шапки в основном темплейте будет грузиться чуточку быстрее, так как если это отдельный файл, то его надо прочитать из файловой системы. С другой стороны, использование opcache в PHP или HHVM нивелирует эти потери. Так что, в реальности, это совсем уж нанооптимизация. Какой-либо ощутимой разницы не будет. Если уж вы реально заморочились оптимизацией, то у вас работы - непочатый край, и данный вопрос - на стотыщдесятом месте. Сначала оптимизация, и только потом микрооптимизация. Нанооптимизацию в топку. В большинстве случаев простым смертным и в микрооптимизации нет необходимости - benefit порядка нескольких милисекунд. На реальном high-load подобные штуки, комплексно, позволяют экономить реальные доллары. Но это уж совсем на крупных и высоконагруженных проектах, которые, кстати, вряд ли будут на PHP.
Ну и, не так просто шапку проигнорить. Дело в том, что если в папке темы отсутствует файл header.php, WordPress будет использовать свой стандартный, который находится в
wp-includes/theme-compat/header.php
И вообще, пользы от использования темплейта header.php для простого смертного - предостаточно. Во-первых, модульность шаблонов, удобство. Особенно когда шаблонов становится много. Во-вторых, гибкость. Функция
get_header() может принимать параметром часть названия файла, таким образом, можно иметь разные шапки для разных шаблонов. Например, крупная шапка со слайдером на главной странице, и уменьшенная версия без слайдера на внутренних страницах. А еще одна шапка для страницы 404й ошибки. Используется так:
// Подключить header.php
get_header();
// Подключить header-full.php
get_geader( 'full' );
// Подключить еще какой-то header-blah-blah.php
get_header( 'blah-blah' );
А еще во время вызова этой функции срабатывает одноименный хук
get_header, который иногда бывает весьма полезен.
Простой