Последняя версия (2.х) на порядок лучше предыдущих. Папки могли слететь в связи с тем, что новый клиент поддерживает работу сразу с несколькими аккаунтами -(у меня на RC1 слетели, но в релизе такого не замечал, Ubuntu x64).
Запрещать обновление категорически не рекомендую - обновляется не часто, закрываются баги и потенциальные уязвимости.