Систему и все основные службы на SSD
OS+LAMP+ISP
Samba, и swap, бекапы на HDD.
Распределяя важные разделы на 2 диска, надежность сервера упадет в 2 раза.
Без самбы и свапа в вашем случае сервер сможет запустится.и продолжать работу 24/7 и предоставлять доступ к LAMP и ISP.
Я бы на вашем месте сделал бы KVM и контейнер под настроенную систему. 30-50Gb на SSD. и этот контейнер уже бекапил. Скорость восстановления из контейнера будет выше в случае хардовой проблемы.
Да и в будущем можно еще пару виртуалок поднять, хоть на ssd, хоть на HDD.