Так или иначе вам нужно выставить веб-сервис наружу.
amf1k предложил один из вариантов. Можно WebAPI, можно WCF, можно и
Nancy взять. Если код программы недоступен для модификации, тогда вызывайте ее из ком. строки (хотя так будет менее гибко - сложно будет получить, например, текущий статус операции с файлами).