Напишите bat сценарий с стандартным ftp клиентом системы, минус только в том что пароли вводить нужно или хранить в открытом виде, хотя в тоталкоммандере и так не особо что-то зашифрованно.
Сам как правило вседа пишу автоматизацию на руби, он мне ближе. Обратите взорт на rsync.
P.S. Когда-то давно был плагин который реализовал копирование по списку в том числе и на фтп, к сожалению за давностью лет не помню названия :(