Большинство JS библиотек, которыми я пользовался, используют либо
MIT (Bootstrap, jQuery, colorbox, Handlebars.js, Magnigic popup, Sortable.js, Masonry, Squire, и множество либ на Node.js: gulp, grunt, grunticon), либо
BSD (таких поменьше; Django, но это не ваш случай). А в них речи про обязательное сохранение комментариев или изначального вида не идёт вовсе. Более того, в BSD говорится, что "разрешается распространение бинарников или сорца с модификациями или без них при условии...". Единственное условие - прилагать текст лицензий, которые иногда как раз и помещают в комменратий. Однако, такого требования нет.
В итоге, наверное можно сказать, что вы вправе минифицировать jQuery и иже с ними, как угодно, главное - прилагать текст лицензии (класть файлик рядом с кодом).
licenseit.ru/wiki/index.php/MIT_License
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D0%B8%D1%86%D...