Что бы узнать, как устроена база данных ВК - нужно почитать их документацию, спецификацию, технические задания, вики или что-то еще, где у них может храниться описание системы.
Что бы ответить на остальные вопросы в общем и в частности о том, как хранить данные на разных серверах, то ключевые слова для поиска: репликация базы данных, шардинг, distributed databases и производные.