Расхождение в кол-ве юзеров по размеченному трафику — меньше 1,5%. Это нормально для внешней js-аналитики. По органике — нужно сегментировать и смотреть распределение по срезам, где разница => почему она есть.
Сессии — аналогично, нужно смотреть под капот, по этим цифрам ничего не скажешь.
Отказы в G и Я — это разные сущности, почитайте доки. Они никогда у вас не будут совпадать.
Тайминг и JS — принимайте его как 5-е приближение к реальной медиане.
В общем, эти цифры бесполезны, если вы хотите получить ответы откуда дельты. Нужен сайт, нужен GA, нужна Метрика. Садиться и копать.