Скорее всего, у тебя на сайте SPA (React, Vue) или какой-то самописный роутер на JS
Робот Яндекса видит клик по ссылке с протоколом tel, твой JS-роутер перехватывает событие, пихает путь в history (получается /catalog/tel) и только потом открывает звонилку. Метрика это ловит как просмотр страницы и шлет в вебмастер
Как чинить:
1. В JS-роутере добавь проверку. Если атрибут начинается с tel или mailto, не меняй URL
2. На саму ссылку повесь onclick с event.stopPropagation, чтобы твои глобальные листенеры не дергались
3. В robots.txt сделай Disallow для /tel (со звездочкой в конце)
4. В Вебмастере зайди в Индексирование -> Удалить URL и вручную снеси эти урлы. robots.txt только запрещает обход, но не выкидывает страницы из индекса моментально
атрибут rel nofollow тут вообще бесполезен, он только вес не передает, но саму ссылку робот все равно парсит