index.html — его быть не должно.

Должен быть шаблон (jade, handlebars, whatever), в который:

• через переменную вставляется DOM от реакта (результат React.renderToString);
  
• после него через тег script подключается файл приложения (bundle.js)
  

Сервер рендерит этот шаблон и отдает html с клиентским приложением на клиента.

bundle.js.map — это SourceMaps, их в production быть не должно, оно убирается через настройку Webpack.

Роутинг

Если это SPA:

import express    from 'express';
import React      from 'react';
import Router     from 'react-router';
import Location   from 'react-router/lib/Location';

import App        from '/path/to/App';
import routes     from '/path/to/routes';


const app = express();

app.use(express.static(path.join(__dirname, 'public')));

app.use('/', middleware);

function middleware(req, res, next) {
  
  const location = new Location(req.path, req.query);
  
  Router.run(routes, location, (error, initialState, transition) => {
    
    const body   = React.renderToString(<App {...initialState} />);
    const layout = `${process.cwd()}/path/to/layout.jade`;
    const html   = Jade.compileFile(layout, { pretty: false })({ body });
    
    res.send(html);
    
  });
  
}

Если это статика:

import express  from 'express';
import React    from 'react';

import Main     from 'components/Main';
import About    from 'components/About';


const app = express();

app.use(express.static(path.join(__dirname, 'public')));

app.get('/', (req, res) => middleware(req, res, Main));
app.get('/about', (req, res) => middleware(req, res, About));

function middleware(req, res, Component) {
  
  const body   = React.renderToString(<Component />);
  const layout = `${process.cwd()}/path/to/layout.jade`;
  const html   = Jade.compileFile(layout, { pretty: false })({ body });
  
  res.send(html);

}

/* Jade Layout */

doctype html
html
  
  head
    // head stuff...

  body
    #app!= body
    script(src="/bundle.js")

Расхождение в кол-ве юзеров по размеченному трафику — меньше 1,5%. Это нормально для внешней js-аналитики. По органике — нужно сегментировать и смотреть распределение по срезам, где разница => почему она есть.
Сессии — аналогично, нужно смотреть под капот, по этим цифрам ничего не скажешь.
Отказы в G и Я — это разные сущности, почитайте доки. Они никогда у вас не будут совпадать.
Тайминг и JS — принимайте его как 5-е приближение к реальной медиане.

В общем, эти цифры бесполезны, если вы хотите получить ответы откуда дельты. Нужен сайт, нужен GA, нужна Метрика. Садиться и копать.

Никогда не трогайте скролл пользователя.

Как правильно делать: рендерить первоначальный html на сервере -> отдавать его клиенту с JS-приложением -> JS-приложение после загрузки первоначального контента забирает дальнейшее управление на себя.

См. дальше по запросам «изоморфный javascript», «isomorphic javascript».

Выпилить JS из сайта — это вернуться на пару десятков лет назад. Вас утопят в выдаче поведенческие факторы, в то время как разумное использование JS эти поведенческие факторы улучшит (=> поднимет в выдаче). Главное на мобильных с JS не переусердствовать.

P.S. Google бот уже рендерит (и, соответственно, индексирует) SPA, которые без рендеринга на сервере, но позиции по ним, думаю, ниже чем у аналогов с серверным рендерингом. Плюс из соображений скорости первоначальный html лучше собирать на сервере.