Вопрос: видит ли Метрика использование гражданином России VPN и IP VPN?
Технически это возможно. Если у посетителя VPN со split tunneling, то запрос на ваш сайт пойдет через VPN, а запрос на сайт метрики напрямую. Тогда яндекс точно будет знать, что пользователь воспользовался каким-то обходом и обход этот явно типа split tunneling. Для выяснения выходного ip адреса VPN метрика может дёрнуть какие-нибудь зарубежные сайты для определения ip, например, ifconfig.me и затем отправить обратно в базу яндекса.
Если у посетителя весь трафик завёрнут в VPN, то метрика сразу увидит выходной ip VPN и по косвенным признакам попытается определить, что пользователь реально из РФ. Например, если он недавно посещал какой-нибудь сайт с установленной метрикой и выключенным VPN. Яндекс склеит эти два посещения и получит, как и в варианте со split tunnel, реальный ip пользователя + выходной ip VPN.
Далее эти данные сливаются в ркн, который ставит адреса на мониторинг, сканирует их на наличие VPN, делает active probing и другими способами пытается определить является ли засвеченный зарубежный ip средством для обхода или нет.
Со своей стороны вы можете только удалить яндекс метрику с сайта. Заменить её на гугл аналитику или какое-нибудь self hosted решение типа matomo. Это ваш единственный вариант избавиться от этого риска.