CMS-CMSам рознь. Для магазинов может быть один вид, для домашних хомячков другой, для новостников третий.
Ну и структура чего вам нужна? Хранения файлов? Связи таблиц и сущностей? Структура плагинов и расширений? Может быть структура шаблонов?
Вам нужно взять wordpress/opencart/drupal etc, посмотреть их структуру (благо, они хорошо документированы, даже в код можно не заглядывать), определиться, что вас не устраивает, что вы хотите упростить-улучшить.
P. S. если делаешь свой велосипед с костылями, сделай так, чтобы на этом хотя бы самому прокатиться, а в случае чего потом и похромать.