Вкратце:
Сначала разрешаешь входящие на 22 порт с определенного адреса и разрешаешь все исходящие
iptables -A INPUT -s <твой IP> -p tcp -m tcp --dport 22 -j ACCEPT
Затем закрываешь все входящие по всем портам
iptables -P INPUT REJECT
После этого соединение отвалиться не должно
После этого разрешаешь входящие по необходимым адресам и портам:
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp --dport 3306 -j ACCEPT
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp -s <некоторый IP> --dport 22 -j ACCEPT
И так далее
После разрешения необходимых входящих портов можно закрывать исходящие точно так же.
Можно писать это всё в скрипт, а в кроне выставить очистку таблиц каждые 15 минут на случай, если что-то пойдет не так.