>1) Как мы знаем, ИП должен иметь первичную документацию - договора, счета-фактуры, акты выполненных работ. Является ли договор-оферта с oDesk первичным документом?
Могу сказать по Альфа-Банку - им нужен переведенный на русский язык Upwork User Agreement (один раз), и скриншоты из личного кабинета, которые подтверждают перевод денег от клиента вам (каждый раз при выводе денег).
>2) Как правильно составить акт выполненных работ, работая на биржу oDesk? Объясните пожалуйста пошагово, на этом моменте у меня полнейший ступор.
См. п. 1, не нужно никакого акта.
> 3) Всю отчётность, как правило, с одеском ведут только электронно - сканами. Но насколько мне известно, сканы не воспринимаются всерьёз налоговой. Проясните пожалуйста данный момент.
Налоговой ваши документы, насколько я знаю, не интересны до тех пор, пока они не начнут проводить налоговую проверку. В этой ситуации я пока что не оказывался, ничего сказать не могу :)