Как стоит вопрос о безопасности наличных средств в таких крупных проектах WebMoney, Qiwi и т.п.?
А откуда там вообще возьмутся наличные средства? Наличные это то что лежит у вас в кошельке, их можно потрогать и свернуть в трубочку.
Деньги в таких сервисах тоже не хранятся, т.к они не являются банками.
В базе данных этих сервисов храниться информация о балансе пользователя, но это не деньги, а виртуальные "фантики", которые не имеют смысла за пределами системы.