rsync: www.tomscott.com/barcamp2
Вообще есть удобный скрипт для создания инкрементарного архива с глубиной до дней 30. Удаленные (измененные) файлы уезжают в каталог Deleted-%data%, откуда их потом можно спокойно достать. Ссылка на скрипт: www.linuxspace.org/archives/4568