Если к API нужно ходить с фронтенда, то можно на вашем nginx запроксировать запросы на сторонний ресурс. В ряде случаев понадобится настройка чего-нибудь (nginx/php) на удаленной стороне (если, например, нужно передавать хидеры специализированные, например http-x-real-ip). Ситуация вполне штатная, обычная. Если нужно ходить с бэкенда, то так и напрямую ходите (curl или что там у вас). Ситуация тоже обычная.
Но я так понимаю, что главный вопрос в том, не плохо ли тут использовать vpn? Здесь нужно знать, какой у вас vpn. Самый печальный vpn - это pptp, т.к. небезопасен и будет дольше реконнектиться в случае потери соединения (да и в сравнении, например, с openvpn он даже в конфигурировании неудобен). Уверен, что у вас не pptp, это просто к слову (никто в здравом уме не будет поднимать pptp между сервер-сервер). Грубо говоря, все остальное (openvpn, ipsec и т.п.) можно использовать: проверено временем, стабильно. Касательно оверхеда: в 99% некритично. Например, если это openvpn l3 по udp, то оверхед на каждый пакет по размеру будет ~70 байт (где-то 20 ip, 8 udp, порядка 40-50 на tls)... примерно. И хотя если посчитать этот размер относительно маленьких пакетов, может выйти больше самого пакета (смотря как считать еще), это ни о чем не говорит: при достаточном канале (а у вас, раз речь идет про сервера, должно быть все хорошо) это некритично. В плане времени сколько-то уйдет на шифрование, но опять же для api это некритично (и надо учитывать, что соединение-то постоянное, то есть временной оверхед, например, на tcp/http и тем более https выше, а оно повсеместно, никто не парится). Для собственного успокоения можете замерить ширину канала (nc), потыкать в api (hping).
Кстати, если везде линуха, не нужна защита, нет по пути страшных фаерволов, видимость на уровне l3 есть, то лучший вариант, как по мне, - это линуксовый ipip, либо gre: минимальный оверхед, крайне легко настраивается (описано в lartc), не нужно дополнительное ПО. Не знаю, насколько это популярно, но я бы использовал такой "vpn", если возможно/нужно.
Еще важно убедиться, что vpn поднимается при ребуте сервера, что работает реконнект в случае чего. Собственно, это относится ко всем сервисам вообще.
В качестве вывода: никаких проблем, используйте.
