На мой взгляд, порядок должен быть таким:
1. Сначала нужно знать права доступа всех пользователей к MySQL
select * from information_schema.user_privileges;
2. Чтобы действовать наверняка, стоит сменить пароль пользователя (надеюсь используется не root)
Пользователь БД, который попытается подключиться в очередной раз несанкционированным образом, получит облом.
3. Ограничение доступа пользователям к MySQL
В идеале, пользователь, с которым программа подключается к БД, должен иметь полномочия лишь необходимые для корректной работы. Ограничить можно как по сетевому адресу хоста, указав статический IP адрес, а не маску "%". Также можно ограничить доступ пользователя к MySQL начиная с частной БД (database/schema) до уровня отдельных таблиц и даже колонок.
2.12.4 Securing the Initial MySQL Accounts
4. Как уже посоветовали ранее, нужно найти в программе все запросы DELETE.
В добавок обратить внимание на историю команд в
mysql_history
5. Неплохо ещё бы проконсультироваться с экспертами в данной БД.