Как лучше передавать токен, как параметр запроса или в хедере ?
Я параметром запроса не встречал, всегда передаем заголовком.
Параметрами старайтесь пользоваться только в качестве фильров, limit, offset, sort и подобное. То-есть то что относиться непосредственно к ресурсу с которым работаете.