Да, с помощью SELinux такое сделать можно. Исполняемому процессу назначается метка, далее пишется правило, которое разрешает ему обращаться только к ресурсам с определенными метками (контекстами). Далее обращения за пределы разрешенных директорий, несмотря на то, что файловых прав доступа хватает, блокируются ядром.
Попробуйте поискать в сети примеры такой изоляции. Начать можно, например,
отсюда.