Любой современный рейд позволяет постепенное увеличение размера. Соответственно, меняем один диск, ребилдим, меняем второй, ребилдим (для винды все это время ничего не менялось), увеличиваем массив (винда внезапно обнаружила, что она живет на диске побольше, чем раньше), растягиваем системный раздел (если это надо).