Что-то тут не так. Служебные файлы, без которых не собрать проект, не должны меняться постоянно и автоматически. Если они меняются автоматически, то что мешает и при сборке проекта их автоматически менять?
Обычно бывает 2 типа побочных файлов: 1) те, что действительно нужны для сборки проекта, но они меняются сознательно вручную или специальными командами, и эти файлы хранят в системе контроля версий; 2) всякие артефакты сборки, локальные настройки и файлы среды разработки - они либо не нужны вообще, либо могут быть созданы заново без проблем, и эти файлы вообще не добавляют в систему контроля версий.
У вас какая-то смесь. Может, расскажете, что за файлы?