Windows такая штука, ей "прозрачно" файл не подсунешь, потому как
она от рождения косая и нечем - увы - это не исправить. Остаются такие варианты:
Сразу отмечу, что попытка "частичной" заморозки может привести к странным последствиям, для этого нужно досконально знать систему станка.
1. Попытаться поставить управление в виртуализованную среду. Тогда можно просто делать снимки нужных состояний системы и откатываться на них при желании. Вопрос с подключением железа станка к виртуальной среде также решаем.
2. Использовать ПО для автоматического развертывания образа при перезагрузке. Образ может находиться на скрытом или сетевом диске.
3. Организовать подключение диска через iSCSI. Тогда при возникновении проблем, можно просто подключить по сети другой образ системы.
4. Использовать принцип системы контроля версий (того же git) c исключениями на некоторые файлы. Тогда восстановление "назад" будет состоять в команде этой системе для отката на заданную фиксированную версию.
5. Использовать всевозможные песочницы для ПО, типа
ThinApp. Тогда при возникновении проблем можно будет откатиться на другую папку с файлами комплекса.