а версия на флешке та же что сейчас стоит? если да — тебе вообще не надо переставлять, просто вбей ключ в Параметры → Активация → Изменить ключ продукта. Данные никуда не денутся, это просто активация.
если версия другая — запусти setup.exe с флешки прямо из работающей системы (не грузись с неё через BIOS). В процессе выбери «Сохранить личные файлы и приложения», всё останется на месте.