Чатик скайпа в Linux постоянно всплывает поверх окон, чем доставляет массу неприятностей, как предотвратить. Всплывает как только, кто-то отправляет сообщение.
Тогда тоже поиграйтесь с уведомлениями, как посоветовал «scream4ik». Я почти все там отключал, по началу тоже бесило.
з.ы. Такая «фишка» есть у Pidgin'a, специально ее не отключал.