Так же, как альтернативу, можно использовать xkb и засунуть его в автозапуск.
setxkbmap -layout [языки] -option [клавиши и дополнительные настройки]
К примеру:
-переключения на Ctrl и Shift
setxkbmap -layout 'us,ru' -option 'grp:ctrl_shift_toggle'
-переключения на Alt и Shift
setxkbmap -layout 'us,ru' -option 'grp:alt_shift_toggle'
-переключения на Caps Look c использованием индикатора Caps Look'а для отображения переключения
setxkbmap -layout 'us,ru' -option 'grp:caps_toggle,grp_led:caps'