git add . - добавит только новые и измененные, но не исключит удаленные
git add -A (git add --all) - добавит и новые, и измененые, и исключит удаленные
git add . – добавление (индексация) новых и измененных файлов, без удаленных файлов. Добавления всех изменений в файлы текущего каталога и его подкаталоги. git add -u – добавление (индексация) измененных и удаленных файлов, без новых файлов. git add -A – добавление (индексация) всех файлов: новых, измененных и удаленных.