У каких больше дальность распознавания?
Нужно считывать (только считывать) ID метки на расстоянии 5-15 см.
Чем еще, кроме частоты, они отличаются (защищенность и пр.)?
Дальность у них примерно одинаковая.
Для диапазона 13,56 МГц гораздо больше разных меток выпускается, они, как правило, более продвинутые, чем на 125 кГц.