unlik: ну так пропишите файл логротейта для папки с доменом и с нужной периодичностью. Возьмите за основу файл для /var/log/apache и на его основе подправив пути и срок жизни логов сделайте для папки с доменом.
sudo logrotate -v -f /etc/logrotate.d/apache2
reading config file /etc/logrotate.d/apache2
error: /etc/logrotate.d/apache2:8 extra arguments for create
error: found error in /var/log/apache2/*.log , skipping
Handling 1 logs
rotating pattern: /var/log/apache2/*.log forced from command line (7 rotations)
empty log files are not rotated, old logs are removed
considering log /var/log/apache2/access.log
log does not need rotating
considering log /var/log/apache2/error.log
log does not need rotating
considering log /var/log/apache2/other_vhosts_access.log
log does not need rotating
considering log /var/log/apache2/ssl_access.log
log does not need rotating