Есть три варианта, все кроссплатформенные.
- X11. Подключаетесь по ssh с ключем -X и запускаете нужные приложения. GUI будет отображаться у вас. Понятно, что делать это надо под X сервером.
- VNC. Запускаете vncserver, потом пробрасываете до него тоннель SSH (ssh -N -L 5901:127.0.0.1:5901 ip_сервера) и работаете (tightvnc :1).
- RDP. Аналогично пункту 2, но на вскидку настроек для пуска сервера я не помню
Понятно, что все это будет работать только при наличии нужных программ на сервере.