Думаю, надёжнее всего загрузиться с чего-нибудь не Windows-ового и отформатировать нафиг.
А так, можно отключить автозагрузку внешних дисков в реестре (Гугл в помощь, как это сделать), подключить винт, открыть каким-нибудь FAR-ом, TotalCommander-ом, главное не Explorer-ом (это ещё одна потенциальная дыра) и поискать в корне подозрительные файлы типа inf и ini и прочее. Почистить их и то, на что они ссылались.