Надежность - в простоте.
Самый надежный и стабильный формат - raw, его поддерживают так или иначе все системы виртуализации. У него нет формата, это просто файл, размером с виртуальный диск байт в байт. В нем нечему ломаться. Что бы совсем было надежно, его даже не нужно размещать как файл в файловой системе, а хранить как раздел на диске или целиком на весь диск. И конечно, можно использовать какую-нибудь другую систему управления местом на дисках, типа lvm.
Но, для реализации снапшотов, каждая система виртуализации городит поверх свои механизмы, кто то пишет изменения в соседний файл (как я понимаю так работает qemu/kvm) а кто то пишет предыдущие значения в отдельный файл а текущие - собственно в файл на диске. Вот эти механизмы могут сбоить по своему.
p.s. не включайте кеширование записи, и надежность ваша будет на высоте. Пользуйтесь внешними (логика на другом железе - это ключевое) хранилищами, и вы повысите защиту от сбоев контроллера (но не 100%) и делайте бакапы.