1) Можно ли на одном VPS расположить и сайт, и игровой сервер? Если да, тот каким образом?
Да, можно (хотя непонятно, зачем). Веб-сервер будет прослушивать tcp-порты, например, 80 и 443, а игровой сервер - свои (часто 2106, 7777 и т.д.). Также игровой сервер может использовать UDP-сокеты.
2) Что нужно, чтобы обеспечить защиту от атак на VPS?
Нужно знать, как работает ваш сервер, где его слабые места. Например, если при открытии главной страницы сайта вы делаете множество сложных запросов к базе данных, одни лишь усилия хостера вряд ли помогут обеспечить вам высокодоступность сайта.
И обеспечивает ли этой защитой хостер?
От высокоинтенсивных DDoS-атак (SYN-flood, UDP flood) хостер может защитить при наличии соответствующего оборудования. От L7-атак, эксплуатирующих нюансы игрового протокола, вряд ли.
3) Что нужно устанавливать на VPS, для нормальной работы сайта?
Как минимум, необходим веб-сервер (nginx, например). Остальное зависит от сайта.