Для начала метка активного диска это очень устаревшая методика, работает только с legacy mbr boot и только с dos и старыми windows.
Если система EFI (материнка + настройка в биосе) то нужно восстановить загрузочную запись в биосе (некоторые биосы позволяют выбрать откуда грузиться и так).
Самое простое и универсальное (не важно какой биос), загрузиться с livecd/liveusb (любую систему linux той же архитектуры, т.е. x86/x64/... в идеале той же версии но не обязательно), смонтировать корневой раздел в какой-нибудь каталог типа /mnt (причем если root состоит из нескольких разделов типа /boot /home и т.п. то нужно смонтировать их все в правильном порядке) и запустить команду
grub-install /dev/sda --root-directory=/mnt
где /dev/sda это устройство с диском с которого нужно грузиться (где лежит efiboot или biosboot или для старых mbr дисков где будет загрузочный сектор)
а /mnt - каталог, в который смонтирован корневой раздел файловой системы твоей перенесенной ОС.
p.s. grub все сам проверит, восстановит и настроит, и если какая ошибка - напишет
Дополнительно удостовериться, что в /etc/fstab указаны верные устройства монтирования а лучше перевести на UUID