Wiki пишет что WireGuard работает поверх UDP
https://en.wikipedia.org/wiki/WireGuard
Я-бы искал две проблемы. Первое. Поскольку это все таки VPN-клиент то он делает шифрование
и часть ресурсов CPU тратит на траф и прежнюю скорость 3000 Мбит/с он как-то не вытягивает.
Если у него есть настройки более легкого шифрования - можно поискать там варианты.
И второе это UDP. Неизвестно как он поддерживается провайдером. Возможно он регулируется,
шейпится и это вызывает эффект повтора отправки пакетов со стороны WireGuard.