Это про абстрактное мышление, оно развивается, нужно привыкнуть к этой информации, нарастить нейронные связи) Полезно смотреть стандартные примеры готовых приложений. Как уже написали, по шагам смотреть как работает код можно в дебагере или вот в таком
визуализаторе кода, но в нём масштаб другой - всё приложение не посмотришь, лучше в дебагере. А что-то сложнее чем одна отдельная функция или метод это уже про ООП, архитектуру, паттерны и т.д. Нужно ознакомиться с этой темой, отслеживать цепочку работы приложения по каждой строчке кода думаю нет смысла, нужно рассуждать более абстрактно, модулями, классами, методами, сервисами и т.д. Достаточно помнить, что вот этот метод в этом классе, например, сортирует какой-нибудь массив или выполняет запрос в БД, что-то проверяет и отдаёт json, а что делает метод должно быть понятно из названия класса и этого метода и т.д. до верхнего уровня.