В общем случае - никак.
Если мы говорим о шлешке, то на ней скорее всего будут FAT32 или NTFS. Но они не хранят чек-суммы для своего содержимого. Тут надо обходиться своими силами - хранить отдельный файл с чек-суммами. Но, думаю, их нет.
Все что можно проверить - это целостность самой файловой системы, но даже если фс в порядке, то не факт, что содержимое файлов нормальное с точки зрения приложения/пользователя