dotTrace - полноценная утилита для профилирования приложений, нахождения горячих точек. В общем платный и удобный инструмент. Можно сказать, что это полноценная "IDE" для профилирования, которая может подсказать проблемы
clrstack - это уже консольная утилита, для визуализации уже снятого дампа стека (дамп снять можно через dotnet dump). Тут работа через консоль (менее наглядно, возможно чем через GUI на dotTrace), но бесплатно. В сравнении с dotTrace, это уже просто небольшая тулза, которая облегчит профилирование, но всякие выводы должен делать уже сам (нет подсказок каких-то)
UPD: clrstack вроде как только для windows судя по исходникам