Лучше всего сделать ПДФ, не забыв про вылеты на подрез (bleed). Для экспорта в пдф лучше всего использовать File - Piblish to PDF. Не забыть в настройках экспорта закривить шрифты на всякий случай. Но если вы уверены что ничего с файлом в типографии делать не будут, можно и в шрифтах отдать.
Относительно сведенных слоев - типография ошибается. Возможно - хотят чтобы Вы все отрастрировали.
Но смотреть нужно другое. - Правая клавиша мыши (за пределами макета) "Свойства документа"
(или меню Файл/свойства документа)
И там надо смотреть
- наличие текста (все должно быть в кривых)
- наличие эффектов (все должно быть отрастрировано или переведенов кривые)
- наличие цветовых моделей отличных от CMYK
- наличие растра отличного от CMYK
Еще неплохо проверить весь растр (с помощью поиска) - чтобы было разрешение не ниже 300