"VPN исключен, т.к. он может повлиять на скорость интернета на машинах, а это критично. " - это как?
У вас есть оборудование, чтобы организовать нормальную связь между филиалами, нужно всего лишь не пересекающиеся подсети и настройка VPN соединения между микротиками.
Какое отношение это имеет к скорости Интернет, если вы будете гонять в VPN только нужный вам трафик, который (как например траффик заббикс агентов) все равно пошел бы через Интернет.
Правильное решение вопроса - это VPN между офисами и если есть возможность - размещение zabbix прокси во втором офисе.