Возникли сложности со связыванием смарт процесса со сделкой, в таблице элемента смарт процесса есть только поля для связи с контактами и компаниями, для сделок я не нашел
А ты в настройках смарт процесса установил в разрешенные связи сделку? Если да то поле для связи появится. Про api это уже отдельный вопрос но смотри в сторону метода Container::getInstance()->getRelationManager()->bindItems().