Файлы можно хранить в БД, и от этого можно получать профит, например - в поддержке транзакционной модели работы в том числе и с файлами, в получении согласованных резервных копий и т.д.
Например, MS SQL вполне себе отлично хранит файлы внутри БД (есть особый тип данных -
filestream) и отлично их индексирует -
fts из коробки.