Тут всё просто. Про Mongo надо просто забыть. Это вообще не база данных, а бессмысленное хранилище по типу "куча мусора", которое используется исключительно в стильных модных молодёжных стартупах,
в которых не нашлось ни одного специалиста по базам данных. Это была тупиковая ветвь, поднявшаяся на отсутствовавшей на тот момент поддержке JSON в базах данных и хайпе.
И вообще не надо называть "нереляционные хранилища" базами данных. Это специализированные движки - кэширующие(редис, мемкеш), поисковые(мантикора, эластик), аналитические (кликхаус) - которые используются в дополнение к базе данных. или совсем уж какие-то специализированные решения для визуализации или логирования- графана, сентри, кибана, локи - тысячи их. Но все это вещи факультативные, которые понадобятся только на определенном этапе развития проекта (или не понадобятся вовсе).
А с базой данных и её построением придется столкнуться с самого начала. И вот про это есть великолепная книга Святослава Куликова
Реляционные базы данных в примерах. Она очень четко рассказывает именно про
постройку базы данных.