Вы зачем свою ОС пишете? чтобы научиться? Пилите свою файловую систему, по проще.
Файловая система это способ хранения файлов и информации о них (например имя и место размещения на диске).
Перед тем как работать с файлами нужно понять что такое раздел на диске (это не обязательно но удобно) - кусок диска, размер и положение которого написано в первых секторах диска (mbr или gpt если новее).
А так, FAT16, одна из самых простых файловых систем, с которой не придется заморачиваться снаружи (ее поддерживают все современные ОС), в ней (и в большинстве других) определено понятие кластера, минимальные куски на которые разбивается диск (дальше способ позиционирования - указание номера кластера на разделе с начала), наличие таблицы FAT в которой написаны номера секторов, показывающих в каком порядке идут кластеры в файле, и корневой директории - области, в которой есть структуры, описывающие файлы и другие директории. Собственно это все.
Написать ОС это значит написать минимально ядро и тулчейн по работе с ресурсами (процессы и файловые системы), например утилита по проверке и ремонту сломанной файловой системы или к примеру для дефрагментации - утилита исправляющая недостаток механизма хранения файлов на основе кластеров, когда один файл может быть раскидан по диску, что замедляет работу с ним.