Когда вы устанавливаете Windows, сама система ставится на диск, указанный при установке, а загрузочный раздел может создать на другом диске. Чтобы загрузочный раздел гарантированно был на нужном диске, отключите перед установкой все остальные диски и подключите их обратно после установки.