Есть ли смысл покупать готовый шаблон для сайта, который уже купили и используют 1000 человек
Конечно, есть смысл, если бюджет на разработку уникального сайта ограничен.
Никаких особых "затыков" именно из-за использования шаблона в плане сео я не встречал.
Понятно, что при этом важно наполнить шаблон качественным уникальным контентом.