Отключи в windows технологию гибернации, она используется принудительно при выключении и перезагрузки (для ускорения запуска).
powercfg /h off
upd. эту фичу зовут Fast Startup (включена в win10 и 11 по умолчанию) можно не выключать всю гибернацию, а вручную выключать компьютер в правильном режиме
You can run shutdown -s -t 0 for a normal shutdown and shutdown -s -hybrid -t 0 for a hybrid shutdown.
Почему это важно? При гибернации windows не закрывает десктипроты открытых файлов, не сбрасываешь кеши (в т.ч. на чтение при последующем включении) предполагая, что windows использует диск монопольно. Если после перезагрузки из windows ты запускаешь любую другую ОС (хоть другую windows) то файловая система может оказаться в неконсистентном состоянии, особенно это опасно, если на диск будет производиться запись. Записанные файлы могут закономерно не оказаться в windows, потому что по 'счастливой' случайности данные о каталоге, куда файлы копировались оказались в кеше и при его просмотра отображена старая информация.