far commander и скорее всего total commander умеют работать с символическими ссылками а значит удалять их корректно.
ну и как тебе уже предложили, воспользоваться консольной командой
rd /s/q c:\имя_папки
p.s если речь идет не о символической ссылке а о глюке файловой системы, то нужно запустить ее проверку - свойства диска, утилиты или обслуживание, проверка диска, отметить чекбоксик исправлять ошибки, для C: потребуется перезагрузка)